Al nacer, ocurre un cambio dramático en el patrón de circulación.  Los pulmones se insuflan, favoreciendo el flujo hacia ellos desde el ventrículo derecho. El aumento en el flujo sanguíneo hacia y desde los pulmones, aumenta la presión en la aurícula derecha.  Esto produce un “flap” unidireccional en el lado izquierdo del foramen oval, llamado septum primum, que presiona en contra de su apertura, separando efectivamente las dos aurículas. Esto también aumenta el flujo sanguíneo a los pulmones ya que la sangre que entra a la aurícula derecha, tiene que pasar al ventrículo derecho y luego a los pulmones a través de la arteria pulmonar.

También, el conducto arterioso se cierra uno o dos días después del nacimiento, previniendo el paso de sangre de la aorta a la arteria pulmonar.